Malgré une amélioration de la qualité de l’eau du Rhône et de la Saône depuis 40 ans, la santé de ces fleuves oscille entre le « médiocre » et l’« assez moyen ». En cause : la pollution, les activités humaines et l’artificialisation des aménagements hydrauliques, qui endommagent les écosystèmes marins et la biodiversité.

Les comptages ornithologiques récents ne rapportent pas de chute brutale de la population de cygnes sur les fleuves, mais des diminutions ponctuelles ou des changements de répartition en fonction des conditions environnementales, humaines et climatiques. (Photo/Flavien Crozier)

Depuis les années 1980, la qualité de l’eau du Rhône et de la Saône s’est améliorée. En cause, la création et la modernisation de stations d’épuration, comme celle de Feyssine, et l’adoption de réglementations plus strictes, particulièrement la directive-cadre sur l’eau de l’Union Européenne (UE), qui a permis, entre autres, la réduction des rejets industriels et l’abolition de l’usage de certains pesticides. Cette directive, entrée en vigueur en décembre 2000, distingue trois critères pour évaluer la santé d’un fleuve : son état écologique, son état chimique et son potentiel écologique.

Selon Martin Jouve, chargé de commission eau au pôle rhodanien de France Nature Environnement (FNE), « l’état écologique de la Saône est médiocre à cause d’un manque de biodiversité et des pollutions », tandis que celui du Rhône serait « plus variable, car bons sur certains tronçons, mais mauvais dans la vallée industrielle ».

Cet expert des questions fluviales juge que l’état chimique de la Saône est « assez moyen, avec des pics de pollution par les nitrates et les pesticides ». Un bilan plus triste encore pour le Rhône, dû par la présence de mercure et de HAP (Hydrocarbures aromatiques polycycliques).

Des fleuves « très sollicités »

Malgré les progrès récents, Martin Jouve observe quand même une augmentation des polluants émergents depuis les années 2010, comme les résidus de médicaments ou la présence de microplastiques. Les rejets de nitrates et de pesticides restent importants, surtout dans la Saône.

Le membre de FNE met l’accent sur le fait que ces fleuves sont « très sollicités », que ce soit par la navigation, le refroidissement d’installations industrielles, le prélèvement pour l’eau potable ou encore le rejet des eaux usées.

Il existe trois grandes familles de pollution, auxquelles est confrontée la biodiversité du Rhône et de la Saône : agricole, par l’utilisation massive d’engrais (nitrates, phosphates) et l’usage de produits physiosanitaires (herbicides, insecticides) ; urbaine, par le rejet des eaux usées et le ruissellement urbain, qui contiennent des produits de lessive, des hydrocarbures, des métaux lourds et des microplastiques ; et industrielle, notamment par l’évacuation d’eaux chargées en produits chimiques.

Une chute de la biodiversité dans le Rhône et la Saône causée par l’artificialisation des aménagements hydrauliques

Les effets de la pollution et des activités humaines sur la faune et la flore de ces deux fleuves « engendrent une altération de la reproduction chez certains poissons, comme des malformations ou une baisse du taux de fécondité, mais aussi une contamination au PCB des sédiments des poissons, interdisant leur consommation sur certains tronçons depuis le milieu des années 2000, notamment entre le barrage de Génissiat et la Méditerranée », témoigne Martin Jouve.

Celui-ci précise que « l’artificialisation des aménagements hydrauliques a engendré une disparition de certains habitats naturels », causant un obstacle à la migration de poissons, comme la lamproie ou l’anguille – ils font tous deux parties des espèces les plus menacées par la qualité de l’eau des fleuves, avec le brochet et certaines espèces d’invertébrés – et une diminution des zones de reproduction et de repos des poissons.

Les indicateurs sur lesquels se basent le FNE Rhône pour évaluer la santé des écosystèmes aquatiques et la biodiversité des deux fleuves sont l’indice poisson rivière, l’indice de qualité physico-chimique, ainsi qu’une cartographie des zones humides et des obstacles à la continuité écologique.

Flavien Crozier

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